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線上評估時間一般為2—4周，基本實施流程包括：
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線上評估開始前，參評學校與項目管理員對接，明確學校需要做好的準備工作(包括系統測試等)。依據評估方案要求，在評估系統中提交基本材料、自評材料及其他材料等。
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線上評估開始后，專家主要進行材料研讀，線上調閱材料、在線訪談座談、聽課看課等。參評學校根據專家評估工作需要提供相關材料，落實訪談座談、聽課看課安排，組織相關人員按時參加訪談座談。
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線上評估是否聽課、調閱學生試卷和論文，由專家組視學校已有常態信息化條件和工作需要與學校協商確定，不搞“一刀切”和強制性要求。如參評學校具備或部分具備線上聽課、調閱的條件，則為專家組提供有條件的課程、試卷、畢業論文(設計)等的清單，以便專家組進行線上聽課、調閱活動。